Z hľadiska súčasného fytogeografického členenia patrí Javorie do oblasti západokarpatskej flóry, do obvodu predkarpatskej flóry, do okresu Slovenské stredohorie a podokresu Štiavnické vrchy.

K optimálnemu rozvoju lesnej vegetácie dochádza v strednom holocéne. Vo vyšších polohách sa objavili bukové a neskôr aj jedľovo-bukové lesy so smrekom. Súčasná vegetačná stupňovitosť sa stabilizovala v priebehu mladšieho holocénu.

Do eneolitu prebiehal vývoj územia výlučne v závislosti od zmien vonkajšieho prostredia, najmä klímy. V súvislosti s osídľovaním územia dochádzalo k postupnému odlesňovaniu, ktoré vyvrcholilo začiatkom 20. storočia, kedy boli vyrúbané veľké plochy bukových lesov v okolí.

V súčasnej krajine plošne prevládajú na území bučiny, na niektorých svahoch kvetnaté bučiny a jedľobučiny, ojedinele i druhotné smrečiny. Suchšie výslnné svahy zaberajú bučiny s výskytom dubu žltkastého (Quercus daleschampii), dubu zimného (Quercus petraea), javora horského (Acer pseudoplatanus), brestu horského (Ulmus glabra), jaseňa štíhleho (Fraxinus excelsior), lipy malolistej (Tilia cordata) a občasným výskytom hrabu (Carpinus betulus). Zriedkavejšie sú porasty brezy.

Oblasť vrcholu Javoria (1044 m n.m.) predstavuje posledné zvyšky zachovalých bukových porastov (Fagetum typicum) nad 150 rokov na ploche asi 6 ha.

Vzdialenejšie a mechanizácii neprístupné lúky sa prestávali kosiť, menili sa na pasienky a zarastajú krovinami, preberajúcimi funkciu lesa. Kroviny sú zložené prevažne z liesky (Corylus avellana), ktorá svojim košatým vzrastom a veľkou regeneračnou schopnosťou potláča iné krovinné druhy.