Podľa súčasného faunistického členenia Slovenska zaraďujeme Javorie do oblasti západokarpatskej flóry, do južného obvodu a sopečného okrsku. Živočíšstvo pohoria je viazané na lúky a lesy.
Z hmyzu sa tu vyskytujú chrobáky bystruška lesklá, medená a zlatá (Carabus obsoletus, Carabus cancellatus, Carabus auronites), hrobárik obyčajný (Necrophorus vespillo), roháčik obyčajný (Dorcus parallelopipedus), lajniak jarný a obyčajný (Geotrupes vernalis, Geotrupes stercorosus); z motýľov babôčka pávooká a pŕhľavová (Nymphalis io, Aglais urticae), mlynárik žerušnicový (Anthocharis cardamine) a medzi ohrozené druhy perlovec Brenthis hecate, Nordmania pruni a Lycaena dispar.
Z plazov je zastúpená jašterica živorodá (Zootoca vivipara), užovka hladká (Coronella austriaca) a vretenica severná (Vipera berus).
Typické vtáky sú výr skalný (Bubo bubo), ďateľ bielochrbtý (Dendrocopus leucotos), sokol sťahovavý (Falco peregrinus), skaliar pestrý (Monticola saxatilis), penica slávikovitá a popolavá (Sylvia borin, Sylvia curruca), škovránok stromový (Lullula arborea) a glezg hrubozobý (Coccothraustes coccothraustes). Len v oblasti vrchu Javorie (množstvo prirodzených dutín tu vytvára predpoklady pre hniezdenie) sa zistilo niekoľko druhov - holub plúžik (Columba oenas), holub (Columba europaeus), strakoš veľký (Lanius excubitor), muchárik malý (Ficedula parva), kuvičok vrabčí (Glaucidium passerinum), pôtik kapcavý (Aegolius funereus) či tesár čierny (Dryocopus martius), zaradených v červenom zozname ako ohrozených, čo je pre daný orografický celok z hľadiska zachovania genofondu živočíšstva bukových lesov mimoriadne významné.
Netopiere sú zastúpené podkovárom veľkým (Rhinolophus ferrumequinum).
Z drobných zemných cicavcov tu žijú najmä piskor obyčajný (Sorex araneus), ryšavka žltohrdlá (Apodemus flavicollis) a hrdziak hôrny (Clethrionomys glareolus). Z väčších cicavcov dulovnica menšia (Neomys anomalus), bielozúbka krpatá (Crocidura suaveolens), mačka divá (Felis silvestris), rys ostrovid (Lynx lynx), líška hrdzavá (Vulpes vulpes), jeleň lesný (Cervus elaphus), srnec hôrny (Capreolus capreolus), sviňa divá (Sus scrofa), medveď hnedý (Ursus arctos) a prechodne vlk dravý (Canis lupus).
